Menurut Majelis Ulama Indonesia (MUI), Ponpes Al Zaytun sudah meneliti ponpes tersebut sejak 2002 dan mengungkapkan kontroversi terkait dengan doktrin ajaran, afiliasi kelembagaan dan konsep keagamaan yang dipahaminya.
MUI menemukan adanya indikasi penyimpangan paham keagamaan dalam masalah zakat fitrah dan kurban yang diterapkan pimpinan Al Zaytun, sebagaimana dimuat dalam majalah Al Zaytun, hingga aspek kepemimpinan Panji Gumilang dan sejumlah pengurus yayasan yang memiliki kedekatan dengan organisasi NII KW IX.
Menteri Koordinator Bidang Politik Hukum dan Keamanan (Menkopolhukam) Mahfud MD telah menyampaikan akan ada tiga tindakan dalam penanganan polemik kegiatan Pondok Pesantren Al Zaytun.
Pertama, penanganan dugaan tindak pidana di Al Zaytun akan diserahkan kepada kepolisian.
Kedua adalah pemberian sanksi administrasi kepada Pondok Pesantren Al Zaytun yang mempunyai lembaga pendidikan secara berjenjang sampai tingkat perguruan tinggi.
Sedangkan tindakan ketiga yang akan diambil adalah menjaga ketertiban dan keamanan selama berlangsungnya penanganan terhadap polemik Al Zaytun. Dalam hal ini Kemenkopolhukam akan terus berkoordinasi dengan Pemerintah Provinsi Jawa Barat. (fin)
