Sejak pertama kali menjabat pada 2014, Mentan Amran konsisten memberantas praktik korupsi, kolusi, dan nepotisme (KKN) di lingkungan Kementan. Selama kepemimpinannya, ia telah melakukan mutasi dan demosi terhadap 1.479 pegawai serta memberikan sanksi kepada 844 pegawai, termasuk pemecatan bagi yang terbukti melakukan penyelewengan atau korupsi.
Bahkan, pada satu kesempatan, Mentan Amran mencopot beberapa pejabat Kementan sebelum Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menetapkan mereka sebagai tersangka kasus korupsi.
Pada tahun 2016, Dirjen Hortikultura IH ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus pengadaan sarana budidaya untuk pengendalian OPT, yang merugikan negara sebesar Rp12,947 miliar.
Mentan Amran juga menunjukkan integritasnya dalam melawan nepotisme, seperti ketika adik iparnya tidak lulus seleksi CPNS di Kementan pada 2017. Amran justru mendukung dan mengapresiasi tim seleksi atas keputusan tersebut.
Integritas Amran diuji kembali ketika seorang sahabatnya meminta bantuan untuk memenangkan tender proyek pupuk senilai Rp100 miliar. Namun, Amran dengan tegas menolak permintaan tersebut.
Konsistensi Amran dalam pemberantasan KKN diperkuat dengan kebiasaannya melakukan inspeksi mendadak (sidak) di berbagai kantor unit pelaksana teknis (UPT) Kementan. Dalam sebuah sidak di UPT Surabaya, Amran mencopot pimpinan balai beserta sejumlah stafnya yang kedapatan tidak disiplin.
Untuk memastikan Kementan bersih dari praktik KKN, Amran mengembangkan sistem pengendalian gratifikasi di lingkungan kementeriannya, menolak semua bentuk gratifikasi, dan melaporkannya langsung ke KPK.
