Beberapa permasalahan sector peternakan dan Kesehatan Hewan yang bersifat klasik dan masih sering terjadi di Sulawesi Selatan diantaranya :
- Peternakan sapi dan kerbau umumnya masih merupakan peternakan rakyat dengan sistem usaha yang relative tradisional dan belum berorientasi agribisnis, hanya bersifat tabungan keluarga sehingga dalam melakukan usaha budidaya ternaknya terdapat kelemahan dalam hal manajemen reproduksinya.
- Angka kelahiran masih relatif rendah. Program pengembangan Peternakan yang dilakukan dari pusat hingga ke daerah selama ini yaitu program inseminasi buatan mulai dari program GBIB, UPSUS SIWAB hingga SiKomandan belum menunjukkan hasil yang menggembirakan. Hal ini tentunya dapat dilihat dari rendahnya angka kelahiran dari target akseptor yang ada.
Data menunjukkan bahwa untuk Program Sikomandan di Sulsel Tahun 2021, jumlah akseptor yang di Inseminasi sebanyak 82.869 ekor dengan angka kebuntingan sebanyak 48.038 ekor (57,96%) dan kelahiran sebesar 53.418 ekor.
Hal ini menunjukkan bahwa keberhasilan program Inseminasi Buatan masih dibawah 75% (persentase ideal kebuntingan hasil inseminasi buatan). Hal ini berimplikasi pada kerugian peternak akibat rendahnya angka kebuntingan dan berdampak pada rendahnya pertumbuhan ternak.
Dari data diatas dapat dilihat bahwa masih rendahnya keberhasilan program inseminasi buatan di Sulawesi Selatan. Hal ini dipengaruhi beberapa factor diantaranya : kondisi ternak betina yang menjadi akseptor, adanya variasi kompetensi petugas lapangan, permasalahan sarana dan bahan Inseminasi Buatan, manajemen peternak serta factor non teknis lainnya. - Masih tingginya angka pemotongan, pengeluaran dan kematian ternak betina produktif, sehingga menyebabkan rendahnya pertumbuhan.
- Masih tingginya kejadian inbreeding yang menyebabkan penurunan kualitas ternak sapi. Semakin tahun performance sapi yang ada akan semakin kecil sehingga menyebabkan bobot semakin menyusut.
